“種業振興，良種先行”。優良的豬種是現代化和高效養豬生產的前提和核心。湖南擁有豐富的地方豬遺傳資源，主要有寧鄉豬、沙子嶺豬、大圍子豬、湘西黑豬、黔邵花豬等多個品種，因適應性強、耐粗飼和肉質風味獨特深受廣大養殖戶和消費者喜愛。地方豬品種的種質資源保護和良種選育工作較為落后，導致地方豬繁殖、肉質、抗逆性等優良性狀退化，且地方豬生長速度慢，嚴重影響經濟效益。利用高效的現代分子育種技術和工具，多維度、多層次開發和利用地方豬優異種質資源是振興湖南生豬產業的重要舉措。
由中國科學院亞熱帶農業生態研究所印遇龍院士團隊牽頭，聯合湖南農業大學與華智生物技術有限公司科研團隊，利用cGPS（Genotyping by Pinpoint Sequencing of captured targets）靶向測序技術合作開發了首款適用于湘豬等地方豬的64K cGPS育種液相芯片。其應用將有效提高地方豬重要性狀遺傳基礎解析和優異基因資源挖掘的準確性，提升生豬核心種源自主選育的效率，引領現代特色優質生豬種業發展，對推動生豬產業高質量發展具有重要戰略意義。
【產品特色】
1、位點多態性好、基因組分布均勻
選擇多樣性豐富的湖南地方豬種（寧鄉豬、沙子嶺豬、黔邵花豬、大圍子豬等）和廣東地方豬種（藍塘豬，粵東黑豬等），基于其全基因組重測序數據，篩選到湖南、廣東地方豬種中高多態位點64 K，均勻覆蓋全基因組（圖1）。利用該芯片在豬早期進行分子標記輔助育種選擇，提高生豬育種效率。
2、品種特異性位點及功能位點豐富
芯片包含寧鄉豬和廣東豬等品種特異性位點，包含背膘厚、肉質等功能分子標記位點256個，可進行背膘厚、肉質等重要性狀基因的挖掘利用。
圖1 湘豬64K cGPS液相育種芯片SNP標記在染色體上的分布
3、產品技術參數優良
經樣本測試，該產品位點檢出率高，平均檢出率為99.23% （圖2）。產品穩定性好，重復樣本基因型平均一致率為99.31 %，整體性能優良（圖3）。
圖2 湘豬64K cGPS育種液相芯片樣本基因型檢出率
圖3 湘豬64K cGPS育種液相芯片重復樣本基因型一致率
【產品應用】
1. 遺傳多樣性評估、種質資源和親緣關系鑒定（圖4）
2. 基因圖譜構建及基因定位、全基因組關聯分析
3. 分子設計育種（分子標記輔助選擇、全基因組選擇等）
4. 重要性狀的篩選培育和功能分析
圖4 不同地方豬樣本聚類分析圖
【研發團隊】
1、中國科學院亞熱帶農業生態研究所印遇龍團隊
印遇龍，一級研究員，博士生和博士后導師，中國工程院院士。曾在德國國家農科院動物營養所、英國女皇大學、加拿大Guelph大學學習和工作，獲英國女皇大學哲學博士學位。現任畜禽養殖污染控制與資源化技術國家工程實驗室主任，先后獲全國五一勞動獎章、優秀共產黨員、全國創新爭先獎和湖南省科學技術杰出貢獻獎等殊榮。長期從事畜禽健康養殖與遺傳改良的研究工作，先后主持完成科研項目30多項，帶領團隊發表SCI收錄論文300多篇，被引用9000多次，H指數高達62（根據國內全球學者網站2021年10月報道，印遇龍為全球頂尖前1萬名科學家），從2011年至今連續入選湯森路透全球高被引科學家(2014年和2015年全球中國引文桂冠獎)；主編中英文專著12部，獲發明專利42項；以第一完成人獲國家科技進步獎三項和國家自然科學獎一項，獲World Animal Nutrition獎和第14屆世界豬消化生理大會杰出豬消化生理科學家獎。
2、華智生物技術有限公司
華智生物是在農業農村部倡導下，國家發改委、科技部、湖南省等相關部省委支持下由中信農業、隆平高科等十余家龍頭種企和專業機構共同組建的、我國領先的第三方生物種業關鍵共性技術平臺和國家級分子育種創新服務平臺，入選國家農作物、畜禽、水產三大類種業陣型專業化平臺企業和首批20家種業打假維權種子檢測機構推薦名單。
華智生物融合生物技術（BT）與數據技術（DT），為客戶提供基因型鑒定、種質資源鑒定評價、優異性狀基因創制挖掘鑒定、生物信息分析、種質創新創制、分子和智能育種、生物智能大數據管理和應用、品種測試評價、種子質量/土壤環境/農產品安全檢驗檢測、生物技術法規服務等全鏈條和一站式綜合解決方案。
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