近日，中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院鮑習(xí)琛團(tuán)隊(duì)在The Innovation Life發(fā)表了題為“NaRaDa: A comprehensive nascent RNA database”的文章，構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫NaRaDa（http://www.narada.bio）。
對基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控的動(dòng)態(tài)解析是解讀細(xì)胞命運(yùn)和疾病發(fā)生機(jī)制的關(guān)鍵。傳統(tǒng)RNA測序技術(shù)受限于高豐度穩(wěn)態(tài)RNA，難以捕捉轉(zhuǎn)錄活動(dòng)的即時(shí)變化。近年來，新生RNA測序技術(shù)的發(fā)展，為實(shí)時(shí)監(jiān)測轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)提供了關(guān)鍵工具。相較于傳統(tǒng)RNA測序技術(shù)，新生RNA測序技術(shù)可以從三個(gè)層面提供轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息，包括新生RNA即時(shí)表達(dá)情況，轉(zhuǎn)錄暫停情況以及非編碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍情況。
研究人員收集并整理了3664個(gè)新生RNA測序數(shù)據(jù)集，涵蓋22個(gè)物種、415項(xiàng)研究，構(gòu)建了新生RNA數(shù)據(jù)庫，并提供樣本質(zhì)控信息，確保用戶可篩選高質(zhì)量數(shù)據(jù)集。NaRaDa還鑒定了558,574個(gè)來自不同物種的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，用戶既可以通過感興趣的基因來探索，也可以通過篩選具有特定處理或?qū)嶒?yàn)條件的項(xiàng)目來獲取其對應(yīng)的調(diào)控元件。NaRaDa支持用戶在線分析不同新生RNA數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控變化，包括新生RNA表達(dá)差異、RNA聚合酶的暫停/釋放轉(zhuǎn)變以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍程度變化。用戶可以下載、利用這些信息，深入剖析基因和調(diào)控元件在各種情況下的轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué)。
總的來說，這項(xiàng)研究構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫，為解析轉(zhuǎn)錄起始變化、RNA代謝動(dòng)力學(xué)及基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了資源寶庫。
廣州健康院鮑習(xí)琛研究員為該論文的通訊作者，博士后麥志標(biāo)、博士生李鐸為共同第一作者。相關(guān)工作得到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金委等項(xiàng)目的資助。
圖1?NaRaDa的整體框架
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