粗葉榕（Ficus hirta?Vahl）又稱五指毛桃，為?？崎艑俚乃幨惩粗参?，是一種具有重要經濟價值的植物。其根部為淺黃色，有香氣，富含多種生物活性化合物，如黃酮類、苯丙素類和多糖等，這些成分在植物的抗病能力、適應環境變化以及藥用價值上都扮演著關鍵角色。目前，對粗葉榕的基因組研究仍然相對較少，尤其是在其特定藥用成分的生物合成途徑方面。盡管已有部分關于粗葉榕基因組的初步研究報告，但這些研究大多集中于表型特征或葉綠體基因組，對于全基因組的深入解析仍顯不足。
中國科學院華南植物園于慧研究員團隊利用Illumina，PacBio HiFi及HiC等測序技術首次獲得了粗葉榕染色體級別的基因組圖譜。其基因組總大小約為297.27Mb，scaffoldN50為19.71Mb，其中94.90%的序列被錨定到了13條染色體上。共注釋到132.79Mb的重復元件，占比基因組的44.67%。通過從頭預測、轉錄組測序和同源基因比對共鑒定到28,625個蛋白編碼基因，并成功獲得其中92.39%基因的功能注釋信息。高質量的粗葉榕基因組為解析香豆素等次生代謝物生物合成的分子機制及藥用有效成分的品質提升奠定前期基礎。
研究成果以“A high-quality chromosome-level genome assembly of?Ficus hirta”為題，發表在國際期刊Scientific Data（《科學數據》）。華南植物園在讀博士研究生黃偉城論文為第一作者，于慧研究員為通訊作者。本研究得到國家重點研發計劃、廣州市和中國科學院等項目資助。論文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03376-z
圖. 粗葉榕的基因組組裝與注釋。a. 基因組大小評估;b. Hi-C互作熱圖;c. 基因組圈圖
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